El museo nació de un núcleo original dejado por Sigismondo Ala Ponzone (1761-1842), es una colección del más alto nivel siendo él mismo naturalista y preparador. En los años siguientes se sumaron otras colecciones donadas por naturalistas locales.
El recorrido propuesto se divide en tramos, se inicia con el tramo histórico , constituido principalmente por el núcleo original de Ala Ponzone, continúa con un recorrido por las distintas disciplinas: mineralogía, paleontología y zoología , para llegar a la lectura de nuestro territorio. El medio natural y en particular el urbano nos permiten introducir un tema de gran actualidad aplicado a la realidad local: una reflexión sobre la conservación de la biodiversidad . El espacio dedicado a la didáctica , interdisciplinar y al alcance de todos los sectores del sistema museístico, conduce en cambio a una reflexión sobre cómo el hombre utiliza los recursos de su propio territorio conectando con el tema de la relación río/ciudad que ha caracterizado la historia de nuestro comunidad.
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